Saxophonstudium an der Musikhochschule Köln bei Heiner Wiberny – Konzertexamen. Weitere Studien u.a. bei Charlie Mariano, Sal Nistico und Steve Lacy. Neben der Tätigkeit als Solist in verschiedensten internationalen Klein- und Großformationen gibt er seit 1990 Solokonzerte. Er war mit seinem Soloprogramm 1990 Preisträger des Wettbewerbes „Musik Kreativ“. (CDs „Artikulationen I“ 1991 und „Artikulationen II“ 2002) und ist seit 1999 jährlich auf ausgedehnten USA/Kanada-Tourneen. Seit 1991 arbeitet er mit dem Pianisten Georg Graewe zusammen (seit 1999 auch als Trio mit Paul Lovens, Schlagzeug oder dem Bassisten John Lindberg. 1995 gründete er das Frank Gratkowski Trio mit dem New Yorker Schlagzeuger Gerry Hemingway und dem Kölner Bassisten Dieter Manderscheid, welches seit 2000 mit dem holländischen Posaunisten Wolter Wierbos zum Quartett erweitert ist. Seit 2003 auch als Doppelquartett plus Herb Robertson, Tobias Delius, Wilbert DeJoode und Michael Vatcher.
Weiterhin gibt er seit 1996 regelmäßig Duokonzerte mit dem Saxophonisten Matthias Schubert und seit 1999 mit dem italienischen Posaunisten Sebi Tramontana. Seit 2001 konzertiert er im Trio mit Achim Kaufmann (piano) und Wilbert DeJoode (bass). 2005 erhielt er den SWR Jazzpreis. 2006 gründete er das Trio Gratkowski/Brown/Winant mit den beiden Kalifornischen Musikern Chris Brown, Piano und Live Electronics und William Winant Vibrafon und Percussion, welches im Herbst 2009 auf den Donaueschinger Musiktagen zu Gast war. Seit 2008 arbeitet er mit dem Ensemble Fo[u]r Alto, bestehend aus 4 Altsaxophonisten, welches sich auf Mikrotonale Musik spezialisiert hat und für das er das erste Programm komponiert hat.
Frank Gratkowski spielte auf nahezu jedem der großen deutschen Jazzfestivals, sowie auf zahlreichen internationalen Jazz/Neue-Musik Festivals (u.a. Vancouver, Toronto, Chicago, New York, Seattle, Quebec, Les Mans, Muelhuus, Groningen, Nickelsdorf, Krems, Barcelona, Litauen, Warschau, Prag, Bratislava, Sofia, Bukarest, Odessa, Rom, Yokohama, Huddersfield). Lehrtätigkeit an den Musikhochschulen in Köln, und Arnhem sowie Workshops in Deutschland, Italien, Holland, England, Kanada, Korea und den USA. Seine Diskographie umfast mehr als 30 CDs unter eigenem Namen und unzähligen Produktionen als „Sideman“.